Participó activamente durante los días de la Independencia, formó parte de la Comisión Redactora de nuestra Primera Constitución Política, la llamada Pacto Social Fundamental Interino de Costa Rica o Pacto de Concordia, de 1 de diciembre de 1821.
También fue Secretario del Ayuntamiento de San Jose en 1821 Secretario de la Junta superior Gubernativa en 1822, miembro del Congreso Provincial Constituyente, fue Intendente de Costa Rica en 1823 y 1824, Presidió la Segunda Tertulia Patriótica de San Jose en 1824 y, un día como hoy, 8 de setiembre de 1824, fue electo como Primer Jefe de Estado de Costa Rica.
Juan Mora Fernández ejerció como Primer Jefe de Estado de Costa Rica, durante tres gobierno seguidos. Desde 1824 hasta 1833. Fue maestro, comerciante y político.