Don Juanito, estaba muy claro de que la presencia de los filibusteros en Nicaragua, era una amenaza para nuestra soberanía, por lo que preparó al pueblo para lo peor: la guerra.
En la primera fase de la contienda, en la que Mora acompañó a las tropas personalmente, el ejército costarricense salió victorioso en las batallas de Santa Rosa, Sardinal de Sarapiquí y Rivas.
Amplía el historiador Armando Vargas Araya, miembro de la Academia Morista Costarricense.
INSERCIÓN
Costa Rica fue a la Guerra Patria de 1856 y 1857 por cuatro razones, definidas por el Presidentre Mora. Primera, la defensa del territorio nacional. Segunda, la liberación de Centroamérica. Tercera, la independencia de Hispanoamérica. Cuarta, la lucha universal por la libertad, contra la esclavitud humana.
Con recursos modestos pero con enorme valor y patriotismo, la Administración Mora libró una guerra en varios frentes bélicos. La Campaña de la Pampa, que llevó el ejército expedicionario hasta Rivas. La Campaña del Río, que cortó los suministros a los filibusteros. La Campaña de Rivas, que culminó con la victoria de los costarricenses y sus aliados centroamericanos. La Campaña Diplomática para negociar la alianza militar centroamericana; promover apoyos político y financiero en Chile, Perú y otros países sudamericanos; ganarse la buena voluntad de la prensa y líderes de opinión en Estados Unidos; obtener respaldo en España, Francia e Inglaterra. Y la Campaña Financiera pues la guerra de 14 meses demandó el equivalente de tres presupuestos anuales del Gobierno.
A fuego y sangre, en la Guerra Patria se conquistó la Segunda Independencia Nacional de Costa Rica. Por eso, el Presidente Juan Rafael Mora es reconocido ahora como el Padre de la Patria.
Triunfante en la guerra, Don Juanito fue reelecto a la Presidencia de la República. Poco después fue derrocado y exiliado. Cuando regresó, murió asesinado en Puntarenas.