Con la erección de la Diócesis de San José, a mediados del siglo XIX, se incluyó a Desamparados como parte de la jurisdicción de esta Parroquia. La Villa de Desamparados fue declarada, un día como hoy, el 26 de junio de 1855, y en las Ordenanzas Municipales de 1862 se constituyó el Cantón de Desamparados.
Desde 1574 se empezaron a formar haciendas y a desarrollar algunas actividades en lo que hoy es el Cantón de Desamparados. Al principio este cantón estuvo vinculado administrativamente a la Municipalidad de San José y a partir de 1832 vecinos de esta región empezaron a manifestar el interés de tener su propia municipalidad y alcalde. En 1850 y 1855 solicitaron se erigiera en Villa.
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