Al sobrevenir la Independencia, en 1821, se intensificaron estas relaciones, sin que Nicaragua pudiera hacer lo mismo por las luchas internas que allí existían.
Un día como hoy, 25 de julio de 1824, en cabildo abierto, los habitantes del Partido de Nicoya que comprendían los pueblos de Nicoya y Santa Cruz, principalmente, decidieron anexarse a Costa Rica, y en 1826, los habitantes de Liberia, que entonces se llamaba Guanacaste, también se agregaron a la anexión.
El Partido de Nicoya era un territorio surgido con las Reformas Borbónicas a finales del siglo XVIII, que formaba parte junto con Nicaragua y Costa Rica a la Capitanía General de Guatemala.
Nicoya nunca perteneció a Nicaragua y su comercio era más intenso con Costa Rica.
