Fue electo Presidente de la República en 1872. Al terminar su mandato queda como comandante en jefe de las fuerzas militares y como hombre fuerte del país, y, en 1877, reasume el Gobierno como resultado de un nuevo movimiento armado contra el presidente Aniceto Esquivel. Consecuencia de este Golpe de Estado, nombraron a Vicente Herrera en 1876, quien renunció en 1877. Por ello Guardia asume como Primer Designado a la Presidencia, ejerce nuevamente el poder y muere en el cargo, un día como hoy, el 6 de julio de 1882. En su honor compuso el maestro Rafael Chaves la marcha fúnebre el Duelo de la Patria.
Uno de los Presidentes más importantes de Costa Rica en el siglo XIX fue Tomás Guardia Gutiérrez. Con él se fortalecen las estructuras políticas de la República, a partir del Golpe de Estado que da el 27 de abril de 1870.
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