En Santa Rosa murió el Capitán Manuel Quirós, miembro del Estado Mayor Militar, y tres oficiales más, junto con 15 combatientes costarricenses. Hubo 32 heridos. La tropa filibustera tuvo 26 muertos en el combate. Se le hicieron 19 prisioneros.
Inmediatamente el Presidente Mora ordenó continuar hacia Nicaragua, el objetivo político y militar de la movilización para asegurar la derrota de los filibusteros en ese país, y expulsarlos del suelo centroamericano, trasladándose la guerra hasta 1857 en Nicaragua.
Triunfados en la Batalla de Santa Rosa, el 20 de marzo de 1856, el Ejército Nacional costarricense, de 600 hombres, organizados en cuatro frentes de combate para esa batalla, emprendió la persecución de los filibusteros por el territorio norte del país y la margen del Río San Juan.
