En las horas siguientes fueron capturados su hermano José Joaquín, el general José María Cañas, Manuel Argüello, sobrino y asesor del presidente, y otros funcionarios. Luego fueron conducidos a Puntarenas y expulsados del país; zarparon en el vapor Guatemala hacia El Salvador.
Amplía el historiador Armando Vargas Araya, miembro de la Academia Morista Costarricense.
INSERCIÓN
Varios factores hubo detrás de su derrocamiento. Pero una sola fue la causa eficiente. El día que el Banco Nacional de Costa Rica abrió sus puertas en abril de 1857, comenzó la cuenta regresiva de su Gobierno. El Presidente Mora se había atrevido a crear un banco, con participación del Estado, para democratizar el crédito. Sus enemigos a muerte fundaron al poco tiempo su propio banco.
En el exilio salvadoreño, Don Juan Rafael se dedicó al cultivo del café en gran escala. Viajó a Estados Unidos donde se relacionó con destacadas personalidades Hispanoamericanas, Europeas y norteamericanas. Fue a Washington, invitado a la Casa Blanca, donde el presidente Buchanan le ofreció un plan para que él encabezara una nueva República Federal de Centroamérica, propuesta que Don Juanito rechazó.
En setiembre de 1860 cometió el error de ponerse al frente de una supuesta rebelión que lo devolvería al mando. Fracasada la quimera, se rindió. A las tres horas cayó víctima de las balas fratricidas. Su cadáver iba ser lanzado al Estero, como pasto de las fieras marinas. Pero el cónsul de Francia lo cubrió con el tricolor de su país y lo enterró en un sitio recóndito. Luego, sus restos fueron trasladados al Cementerio General de San José.
Bien ha dicho la Asamblea Legislativa: “Por equívocos circunstanciales fue derrocado en 1859 con el rompimiento inaceptable del orden constitucional y en 1860 fue fusilado en un crimen de Estado, que aún nos avergüenza, motivado por choques de intereses materiales y personales ajenos al bien común de la patria. Nosotros, los representantes de la nación, decidimos enmendar ambos errores que menoscaban la dignidad de la república”.