El río San Juan lo recorrió siglos antes el conquistador español Gil González Dávila, en 1519. Diez años después el gobernador colonial Pedrarias Dávila ordena recorrerlo. Un día como hoy, 7 de abril de 1539, Alonso Calero y Diego Machuca salieron de las isletas de Granada para recorrerlo hasta su desembocadura. Desde entonces el río ha jugado un papel muy importante en el dominio de la región.