Su gobierno, que fue avalado por la Constitución de noviembre de 1917, se mantuvo en forma tiránica hasta junio de 1919, cuando el pueblo costarricense, por acciones de masas, acciones militares en el territorio nacional, y acciones de resistencia urbana, dirigidas por el magisterio nacional, y el Movimiento Constitucionalista, le obligaron a abandonar el poder y volver así, de nuevo, al cause democrático institucional. La legislación de su gobierno se anuló y se restableció la Constitución de 1871.
Un día como hoy, 27 de enero de 1917, se produce el Golpe de Estado, al gobierno constitucional de Alfredo González Flores, ejecutado por su Ministro de Guerra y Marina, Federico Tinoco Granados, dando origen a un gobierno de facto durante todo el año de 1917. Bajo una Presidencia Provisional de la República.
