En 1897 se aprobó el contrato para su construcción, con fondos nacionales, que se tenía calculado terminarlo en 1904, pero fue hasta un día como hoy, 23 de julio de 1910, que se terminó de poner el último riel de esta vía interoceánica.
El Ferrocarril al Pacífico, como se le llamó, en 1926 se tomó la decisión de electrificarlo y, en 1932, era tal su importancia que se exportaba por Puntarenas el 52% de la cosecha cafetalera.
En 1953 a la administración del Ferrocarril se le encargó también la del muelle.