Fue maestro y alcalde Primero de San José. Participó en los primeros gobiernos del país, en la Junta Superior Gubernativa de 1822-1823. Fue Vice Jefe de Estado de Juan Mora Fernández. En las elecciones de 1833 obteniendo un voto para la Jefatura de Estado, el Congreso lo nombró Jefe de Estado gracias al voto emitido por el elector de Térraba, Pedro José Carazo, un día como hoy, 16 de febrero de 1833, que se conoce como el Voto Terrabano. Excusándose de su nombramiento el Congreso le obligó a ejercer el cargo.
José Rafael Gallegos Alvarado fue Jefe de Estado desde 1833 hasta 1835. Era comerciante, minero de los Montes de los Aguacates, hacendado de café y caña de azúcar. Desempeñó distintas actividades políticas.