Antes dependía de las autoridades eclesiásticas de León de Nicaragua. Un día como hoy, 16 de enero de 1877, nació Rafael Otón Castro Jiménez, quien fue el IV Obispo y el I Arzobispo de la Arquidiócesis de San José (1921-1939). En Roma se doctoró en Filosofía, Teología y Derecho Canónico.
La Iglesia católica costarricense, con sus propias autoridades nacionales, empezó a desarrollarse a partir de la segunda mitad del siglo XIX, cuando se firmó el Concordato con el Vaticano, y se nombró su primer Obispo, el Dr. Anselmo Llorente y la Fuente, que se sumó a la lucha contra los filibusteros norteamericanos llamando a luchar contra los “bárbaros protestantes”, en defensa de la religión católica.
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