Como parte de su desarrollo fueron creándose cuarteles en la capital, en las cabeceras de provincias y en algunas regiones donde se concentraban contingentes importantes de mano de obra. A partir de 1869, con el Presidente Jesús Jiménez Zamora, empezó a ejercerse un control civil sobre el aparato militar, fortalecido este control con el Presidente Tomás Guardia y su Código Militar. Un día como hoy, 19 de junio de 1870, Tomás Guardia ordena la concentración del armamento militar existente en las ciudades de Alajuela, Heredia y Cartago San José, formando el Cuartel Principal en arsenal.
Durante el siglo XIX, luego de la Independencia y hasta 1949, Costa Rica tuvo Ejército Nacional, que tuvo sus distintos momentos de importancia, especialmente durante la Campaña Nacional contra los filibusteros, en la defensa de la soberanía e independencia nacionales.
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