En 1860 nuevamente intenta apropiarse de Centroamérica. Desembarca en Honduras el 5 de agosto, es capturado después de algunos combates, y un día como hoy, 12 de setiembre de 1860, se le fusiló cerca del puerto de Trujillo.
William Walker el jefe de los filibusteros norteamericanos que intenta esclavizar los pueblos y anexar Centroamérica a los Estados Unidos, entre 1855 y 1857, obliga que el Presidente de Costa Rica, Juan Rafael Mora Porras, luego de valorar sus pretensiones con su presencia en Nicaragua desde 1855, y de conocer sus planes, decida intervenir en ese país, por lo que se lleva a cabo la Campaña Nacional durante 1856 y 1857, hasta que el 1 de mayo de este año Walker se rinde y se compromete a no intervenir más en Centroamérica.