Fue creada en 1843 por el Jefe de Estado José María Castro Madriz, quien también llegó a ejercer su rectorado. La Universidad tuvo las facultades de Teología, Derecho, Letras y de Medicina. La Universidad estimuló la publicación de obras de sus profesores y con fondos universitarios se crearon otros establecimientos de educación como dos establecimientos de enseñanza, la Escuela Normal (1846) y el Liceo de Niñas (1847), siendo éste el primer colegio para mujeres del país, ambos creados por el Doctor José María Castro Madriz, y organizó una Biblioteca, que se abrió al público un día como hoy, 14 de julio de 1884, en referencia a la celebración de la Revolución Francesa.