Durante los años siguientes, mientras estuvo la República Federal allí llevaron la discusión donde se le dio la razón a Nicoya y a Costa Rica. Luego de la Guerra Nacional de 1856, al firmarse el Tratado Cañas Jerez en 1858, esta disputa se canceló y se abrió la de la canalización del Río San Juan y los  derechos de Costa Rica. Un día como hoy,  14 de mayo de 1888, Costa Rica protesta por la firma de una nueva concesión canalera que firma Nicaragua el 23 de marzo, protesta que volvió a reafirmar el 2 de noviembre de ese año.