En 1740 también asumió como Alcalde Mayor de Nicoya y en 1748 fue Tesorero Real de Nicaragua y Costa Rica. Durante su Gobernación construyó el Fuerte de San Fernando cerca de la desembocadura del río Matina, con el cual no logró evitar las incursiones de los zambos mosquitos pero sí logró detener el comercio ilícito que efectuaban los costarricenses con los británicos de Jamaica.
Las autoridades coloniales de Costa Rica eran nombradas por los reyes españoles. El Rey Felipe V había tomado la decisión desde 1737 de nombrar como Gobernador y Capitán General de la provincia de Costa Rica, en propiedad, a Joan Gemmir i Lleonart y Fontanills, quien, un día como hoy, 2 de junio de 1740 toma posesión del cargo.
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