En cierta forma fue una evolución de la Casa de Enseñanaza de Santo Tomás que se había establecido en 1814. Su labor fue importante en la formación de una parte significativa de nuestros gobernantes. En sus símbolos destacan elementos masónicos, probablemente por influencia del Dr. Castro Madriz, un destacado masón del siglo XIX costarricense.
La Universidad de Santo Tomás, la primera en el país, fue creada por Decreto un día como hoy, del 3 de mayo de 1843, del Ministro General de Costa Rica Dr. José María Castro Madriz, y fue inaugurada el 22 de abril de 1844.
Con la Universidad se exaltó la importancia de la instrucción pública para el país y la cultura nacional, la libertad del pueblo y la formación de valores y obligaciones cívicas.
